细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
转录组测序服务
服务详情


简介

  转录组测序是指利用高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。转录组测序除了可对转录本进行更加准确的定量外,还可进行更为复杂的序列分析,如新转录本和罕见转录本发现、 cSNP和 InDel鉴定、可变剪切鉴定、 lncRNA和UTRs鉴定等,获得更为精确完整的基因表达图谱和突破性的发现。

技术路线

结果列表

 
有参转录组测序
无参转录组测序
基因表达谱测序
样品要求
RNA样品总量≥10μgRNA样品浓度≥50 ng/μL
文库类型
普通转录组文库链特异性转录组文库
分析内容
参考基因组比对
参考转录组拼接
基因表达水平分析
新转录本预测
转录本/Unigene长度统计
RNA-seq整体质量评估
可变剪切分析
基因功能注释
表达差异分析
SNP/InDel分析
CDS预测分析
GO/KEGG富集分析
基因表达水平分析
SNP/SSR分析
蛋白互作网络分析
RNA-seq整体质量评估
基因表达水平分析
基因共表达网络构建
转录因子注释
RNA-seq整体质量评估
可视化结果展示
GO/KEGG富集分析
GO/KEGG富集分析
 
蛋白互作网络分析
蛋白互作网络分析
 
基因共表达网络构建
基因共表达网络构建
 
lncRNA相关分析
lncRNA相关分析
 



结果展示

1、转录本长度分布图


2、可变剪切分析


3、GO功能分析


4、Pathway 富集分析红色标记为差异基因



5、差异基因共表达网络图




6、差异基因蛋白网络互作网络图

样品要求

1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥10 μg;

2组织样品:动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品。

3、血液2ml以上,血清1ml以上。

4、保存在超低温冰箱中,利用干冰运输。

参考文献

1、Kawahara Y, Oono Y, Kanamori H, et al. Simultaneous RNA-seq analysis of a mixed transcriptome of rice and blast fungus interaction. PLoS One, 2012, 7(11): e49423.

2、Marcos Simo˜es-Costa, et al. Transcriptome analysis reveals novel players in the cranial neural crest gene regulatory network. Genome Research, 2014, 1088-9051: 1–12.

3、Zhu G, Zhong D, Cao J, et al. Transcriptome profiling of pyrethroid resistant and susceptible mosquitoes in the malaria vector, Anopheles sinensis[J]. BMC genomics, 2014, 15(1): 448.

4、Hu J, You F, Wang Q, et al. Transcriptional Responses of Olive Flounder (Paralichthys olivaceus)to Low Temperature[J]. PloS one, 2014, 9(10): e108582.

5、Huan Chen, Fa-Wei Wang, Yuan-Yuan Dong, et al. Sequence mining and transcript profiling to explore differentially expressed genes associated with lipid biosynthesis during soybean seed development. BMC Plant Biology, 2012, 12: 122-136.

6、Vagmita Pabuwal, Mikki Boswell, Amanda Pasquali, et al. Transcriptomic analysis of cultured whale skin cells exposed to hexavalent chromium [Cr(VI)]. Aquatic Toxicology, 2013, 134-135: 74-81.