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第三代基因测序技术又称单分子实时测序技术（Single Molecule Real Time, SMRT），美国PacBio公司研发的第三代测序仪PacBio RS II是在SMRT Cell中进行的，其专利SMRT Cell含有15,000个纳米级的零模波导孔（zero-mode waveguides, ZMWs），每个ZMW都能够包含一个DNA聚合酶及一条DNA样品链进行单分子测序，并实时检测插入碱基的荧光信号。PacBio公司于2015年10月推出新产品Sequel测序仪。 PacBio测序仪无需扩增即可直接对单个分子进行测序，有效避免了PCR扩增偏好性及GC偏好性，具有超长读长(平均读长10-15Kb，最长读长可超过40Kb)，可利用测序过程聚合酶反应的动力学变化首次实现对碱基修饰进行直接测序。
PacBio RS II第三代测序仪 Sequel最新款第三代测序仪 两款第三代测序仪性能比较：
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