简介
环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS测序）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。
环境微生物群落多样性分析，一般是利用MiSeq 等第二代高通量测序平台，由于其测序读长较短，测序长度无法覆盖整个16S/18S/ITS 全长。而第三代测序仪Pacbio 由于序列读长长，可完整覆盖其全长区域，所以在后期的分析中可以将微生物群落分类到种（species）。
生物信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. OTU生成和注释
3. 基于物种丰度分析： ♦稀释曲线 ♦丰度分布曲线 ♦Alpha多样性分析 ♦物种丰度差异分析
4. 基于群落结构分析： ♦单样品物种分布饼图 ♦多样品物种分布柱图 ♦含进化关系的物种丰度 ♦Beta多样性分析
5. 根据客户需求进行个性化分析
结果展示
单样品群落结构饼图
多样品群落结构柱状图
多样品分类学比对树状图
PCA分析图
样品要求
1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。
2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。提供浓度≥20 ng/μl，总量≥500 ng的基因组DNA，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。组织样品＞1.5 g。
3、样品保存期间切忌反复冻融。
4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
