简介
iTRAQ和TMT是目前运用最广泛的两种标记定量蛋白质组技术，分别通过与氨基酸末端氨基以及赖氨酸残基的游离氨基结合，实现对多肽的标记，并通过不同分子量的试剂对不同来源样品进行标记的方式实现不同样品间蛋白质组比较的目标。以iTRAQ试剂为例，该试剂结构由指示基团、中性平衡基团和反应基团三部分组成。不同指示基团及其相对应平衡基团的质量和都相同，而反应基团能与赖氨酸ε氨基和所有肽链的氨基末端连接，可标记所有氨基酸。不同标记试剂与来源于不同样品胰酶消化后的肽段结合，经过色谱分离，并通过一级质谱和二级质谱。平衡基团在二级质谱时发生中性丢失，而报告基团在二级质谱低质量区域产生多个报告离子，其信号强度分别代表该标记样品的表达量，根据报告离子的峰面积计算同一蛋白质同一肽段在不同样品间的比值，从而实现蛋白的相对和绝对定量。
技术路线
技术优势
1、灵敏度高，检测限低，可检测出低丰度蛋白；
2、分离能力强，分析范围广，iTRAQ和TMT可以对任何类型的蛋白质进行分离鉴定，包括高分子量蛋白质、酸性蛋白和碱性蛋白，膜蛋白和不溶性蛋白；
3、高通量：同时对8个或6个样本进行分析，提高了实验通量，可同时对多个时间点或不同处理的蛋白质进行分析；
4、结果可靠：定性与定量分析结果更加可靠；
5、自动化程度高：液相与质谱连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。
结果示例
1、差异蛋白列表（红色字体为差异上调的蛋白，绿色字体为差异下调的蛋白）
2、差异蛋白的GO功能分析
3、差异蛋白的Pathway分析
4、差异蛋白的相互作用网络图
样品要求
1、动植物样本组织100mg以上，血液样品至少1ml，血清0.5ml，体液1ml，细胞样品为5×106个细胞，酵母、微生物等干重100mg以上。
2、样品保存与运输：在液氮或-80°C保存。干冰运输。
参考文献
1、iTRAQ plus 18O: A new technique for target glycoprotein analysis , Talanta, Volume 91, 15 March 2012, Pages 122-127（方法学）
2、Identification of transaldolaseas a novel serum biomarker for hepatocellular carcinoma metastasis using xenografted mouse modeland clinic samples , Cancer Letters 313 (2011) 154–166 （IF 4.8，血清样本）
3、iTRAQ2DLCESIMS/MS Based Identification of a New Set ofimmunohistochemical Biomarkers forClassification of Dysplastic Nodules and SmallHepatocellular Carcinoma,J. Proteome Res. 2011, 10, 3418–3428（IF5.12，组织样本）
4、Analysis of Transcriptional Factors and Regulation Networks in Patients with Acute Renal Allograft RejectionJournal of Proteome Research 2011, 10, 175–181（IF5.12，血清样本）
5、Changes in proteomics profile during maturation of marrow-derived dendritic cells treated with oxidized low-density lipoprotein Proteomics 2011, 11, 1893–190（IF 4.42，细胞样本）
6、LC-MS/MS Analysis of Ovarian Cancer Metastasis-Related Proteins Using a Nude Mouse Model: 14-3-3 Zeta as a Candidate BiomarkerJ. Proteome Res., 2010, 6180–6190（IF5.12，囊液样本）
