简介
MeDIP-Seq是基于免疫富集原理进行的全基因组DNA甲基化研究方法,通过5"-甲基胞嘧啶(5mC)抗体将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行高通量测序,从而检测基因组上高CpG区域的甲基化位点。通过MeDIP-Seq技术可以快速准确地寻找样品间相对DNA甲基化差异区域,进行不同细胞、组织样本间的DNA甲基化修饰模式的差异分析,该方法可以高效、经济地比较大样本量细胞、组织等样品间的相对甲基化差异,且成本较低,适合大样本量表观遗传学的研究。言行生物还提供WGBS/RRBS甲基化测序服务,质量高。
一、技术路线
二、生物信息分析
1、原始数据产出统计。
2、MeDIP-Seq序列与参考序列比对。
3、统计 reads在全基因组的分布情况。
4、统计 reads在CpG区域的分布情况。
5、统计 reads在不同功能元件区域(Promoter,UTR,Exon,Intron)的分布情况。
6、统计 reads在不同 GC含量区域中的分布情况。
7、统计序列富集区域(peak)。
8、统计与 peak相关的基因。
9、统计 peak在不同功能元件区域(Promoter,UTR,Exon,Intron)的分布情况。
10、多样本 peak差异分析及差异 peak相关基因注释、 GO分类和 pathway显著性富集分析。
11、与表达谱进行关联分析,预测甲基化调控基因(需有表达谱数据)。
12、MeDIP-Seq数据可视化分析:生成 Genome Browser可以导入的文件。
三、结果展示
1、reads在CpG、Promoter和基因组的分布
2、peak在不同功能元件区域的分布
3、差异peak列表
4、差异peak比较图
四、样品要求
1、样品类型:血液、细胞、新鲜组织或DNA样品。
2、样品量:细胞样品请提供至少2×107个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片,DNA样品请提供10 μg以上。