简介
长链非编码RNAs（Long non-coding RNAs，LncRNAs）是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs（不含rRNA），广泛存在于各种生物体内。LncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程，在生命活动中具有重要作用。言行生物推出的LncRNA测序服务，使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析，一次性获得样本中几乎全部的LncRNA和mRNA信息，为您全面、深入地研究LncRNA的功能提供了全新的工具。
一、技术路线
二、生物信息分析
1. 基本数据统计
1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data
1.2 与核糖体数据库比对，去除核糖体RNA数据
2. LncRNA鉴定
2.1 转录本组装
2.2 鉴定已知转录本和新转录本
2.3 预测新的LncRNA
3. LncRNA定量及差异表达分析
3.1 LncRNA定量及差异分析
3.2 组间差异分析
3.3 LncRNA差异表达聚类分析
4. LncRNA靶基因预测
4.1差异lncRNA靶基因预测
4.2差异lncRNA靶基因的GO analysis
4.3差异lncRNA靶基因的pathway analysis
5. lncRNA-mRNA 共表达网络构建
6.mRNA相关分析
三、结果展示
1、细胞特异性表达的lncRNA统计
2、LncRNA在染色体上的分布
3、lncRNA和mRNA共表达网络图(上图为所有lncRNA，下图为单个lncRNA)
4、LncRNA的靶基因预测
基于位置和序列预测：lncRNA调控机制分为顺式 (cis-)调控和反式(trans-)调控。寻找基因组位置在10kb 之内的 lncRNA-mRNA对(cis-)，以及lncRNA和mRNA(3'UTR)序列相似的lncRNA-mRNA对(trans-)。
四、样品要求
1、总RNA：浓度≥200 ng/μl，总量≥10 μg；
2、组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品，细胞大于1×107个，血液大于2ml。采样后将立即用RNAlater处理或液氮速冻，保存于-80℃，送样时使用干冰运输。
五、参考文献
1、Paralkar V R, Mishra T, Luan J, et al. Lineage and species-specific long noncoding RNAs during erythro-megakaryocytic development[J]. Blood, 2014, 123(12): 1927-1937.
2、Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs [J]. Genome biology, 2014, 15(2): R40.
