简介
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白，但参与细胞内多种过程调控。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段，lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA，哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%）。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。
lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点，因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。
言行生物提供全套lncRNA芯片服务，同时检测lncRNA和mRNA。
一、芯片种类
人类 lncRNA芯片服务：芯片上包含共计约 40916 种 lncRNA 检测探针和 34235 种 mRNA 检测探针；
小鼠 lncRNA 芯片：包含共计 58809 条 lncRNA 检测探针和 39027 条 mRNA 检测探针；
大鼠 lncRNA 芯片：包含共计 22020 条 lncRNA 检测探针和 30254 条 mRNA 检测探针。
二、芯片特点
A、最新最全面的lncRNA序列数据库来源
B、严格的序列整合分析和高度特异性探针设计
C、lncRNA和mRNA同时全面检测
D、检测可靠，重复性好
三、结果示例
1、lncRNA和mRNA聚类分析图
2、lncRNA和mRNA共表达网络图(左边为所有lncRNA，右边为单个lncRNA)
3、LncRNA 靶基因预测
基于位置和序列预测：lncRNA 调控机制分为顺式 (cis-)调控和反式(trans-)调控。寻找基因组位置在10kb 之内的 lncRNA-mRNA对(cis-)，以及lncRNA和mRNA(3' UTR)序列相似的lncRNA-mRNA对(trans-)。
4、靶基因的GO/Pathway分析
5、转录因子预测
采用转录因子预测工具，对lncRNA的转录起始位点上游2000bp到下游500bp区域进行转录因子预测；基于转录因子蛋白的ChiP-Seq实验数据，可对6个物种的lncRNA进行转录因子预测。
6、LncRNA 和 miRNA 整合分析
根据已知 miRNA-lncRNA 调控数据库，对差异表达或者客户感兴趣的miRNA绘制 miRNA-lncRNA 共表达网络图和 miRNA-lncRNA调控网络图。 
四、样品要求
1、总RNA：浓度≥200 ng/μl，总量≥10 μg；
2、组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品，细胞大于1×107个，血液大于2ml。采样后将立即用RNAlater处理或液氮速冻，保存于-80℃，送样时使用干冰运输。
五、参考文献
1、Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (2011). lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Res 39: D146-151.
2、Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR. NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D61-5. Epub 2006 Nov 27.
3、Rinn,J.L.,et al.,Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell,2007.129(7):p.1311 23.
