简介
目前已经发现的环状RNA(circRNA)已多达十万种,当今通过筛选获取环状RNA(circRNA)主要有两种途径,一是高通量测序,二是芯片检测。环状RNA芯片检测,简便快速,结果可靠,是目前筛选环状RNA性价比最高的方法。
一、芯片特点
1、全面:芯片检测87935条人类circRNA,涵盖circRNA数据库(circBase.org)约95%序列;
2、 双探针设计:针对一个circRNA,设计两种不同检测探针,检测数据互相印证,提高检测结果可靠性;
3、芯片检测准确性高:测试发现74%以上的差异 circRNA能得到定量PCR验证支持。
探针设计原理:
二、芯片流程
三、数据分析内容
四、结果展示
五、样品要求
1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥20 μg;
2、组织样品:动物、植物、微生物总量大于400 mg的新鲜样品。
3、血液4ml以上,血清2ml以上。
4、保存在超低温冰箱中,利用干冰运输。
六、参考文献
1、Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, Gregersen LH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F, Rajewsky N. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8.
2、Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, Kjems J.
Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):384-8.
3、Xiao-Ou Zhang, Hai-Bin Wang, Yang Zhang, Xuhua Lu, Ling-Ling Chen, Li Yang. Complementary Sequence-Mediated Exon Circularization. Cell, September 18, 2014; DOI: 10.1016/j.cell.2014.09.001
4、Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806.