利用环状RNA(circRNA)测序和芯片技术筛选到差异表达的circRNA后,往往需要开展gain-of-function(功能获得)研究,就需要过表达circRNA。
circRNA过表达思想主要源于circRNA生物形成机制,已有多篇文章报道circRNA成环机制,目前比较公认的成环机制为circRNA侧翼序列的碱基互补配对,称之为Alu结构(如下图)。
circRNA侧翼结构特征
基于circRNA侧翼Alu序列特征,PCR扩增含侧翼Alu序列的目标DNA序列,随后依据对应限制性内切酶位点进行酶切,进而连接pEGFP-C1载体。连接载体进而转染对应细胞样本,定量PCR检测转染效率。基于divergent primer验证circRNA过表达倍数。
过表达策略:
1. 扩增目标区域包含circRNA侧翼Alu序列或内部碱基互补序列,侧翼上下游1kb处过表达效率更佳;
2. 目标区域扩增基于基因组DNA为模版。
环状RNA(circRNA)由于结构的特殊性,与miroRNA和lncRNA有着很大差异,让研究者对于它的功能的研究也是难于开展。我们经过不断设计、验证和优化,先后测试了20多种环状RNA表达框架,优化出了特异性准确过表达环状RNA分子的载体。载体含有表达环状RNA的表达框,可以在细胞内通过RNA剪接形成环状的RNA分子;广大研究者可以将目标环状RNA的线性序列PCR扩增出来,直接连接到载体上生成对应环状RNA。
实验流程:
客户只需提供环状RNA的名称及其环化位点。言行生物将构建circRNA表达载体,进行慢病毒或腺病毒包装,感染目标细胞或者动物,提供稳定转染的细胞或动物。