简介
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术，能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。
一、技术路线
二、数据分析内容
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对
3. Peak Calling（统计每个样品的Peak片段信息）
4. Peak注释（根据已有的基因组数据库注释信息获得所有Peak位点信息）
5. Motif预测、基因集分析
6. 全基因组范围的峰值分布
7. 样品间差异Peak分析
8. Peak相关基因的GO/Pathway分析
9. 基因组水平和感兴趣区域的数据可视化
三、结果展示
1、Peak长度分布
2、Peak染色体分布
3、Motif预测
四、样品要求
1、质量要求：ChIP DNA OD 260/280应在1.8至2.0之间。DNA片段大小在100-500 bp范围内，主带明显，建议在250 bp左右，同时请提供DNA打断时的检测胶图。样品最好经过ChIP-PCR验证。
2、浓度要求：样品量≥50 ng，浓度≥10ng/μl。若单次ChIP后DNA量不够，建议将2-3次ChIP的DNA合并在一起。
