ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子结合的DNA片段。ChIP-qPCR技术实现了在靶基因的启动子上找到转录因子结合的直接证据，是细胞内真实的、原位的结果，同时可以比较转录因子与不同位点的结合能力, 相对于EMSA、luciferase报告载体等体外实验验证更具说服力。

实验流程

A. 样品交联，甲醛处理细胞，交联DNA与DNA结合蛋白

B. 超声打断染色质，裂解细胞，并以超声波将染色质打断成400-500bp的片段

C. 染色质免疫共沉淀，将B所得片段分成两份，一份与特异性抗体进行免疫共沉淀(ChIP)，另一份作为Total input样品

D. DNA纯化，将C所得两份蛋白-DNA复合物解交联，纯化分离DNA片段。ChIP富集的DNA片段(ChIP DNA)，Total input样品中的DNA片段(Total input DNA)

E. 实时荧光定量PCR检测

实验结果

用转录因子p53的两种不同抗体做ChIP，对靶基因p21的启动子区和ORF区进行qPCR检测结果如下图，证实了p53能结合p21的启动区。